今天，深圳華大基因研究院稱，由他們和德國漢堡大學醫(yī)學院、中國疾病預防與控制中心及軍事醫(yī)學科學院微生物流行病研究所聯(lián)合研究揭示，德國疫情是由一種新型具有超級毒性的大腸桿菌引起的，該新型菌株攜帶多種耐抗生素的特異基因，致使其難以治療。

    據(jù)德國衛(wèi)計委公布的數(shù)據(jù)，這場大腸桿菌疫情至今已導致17人喪生，歐洲已有超過千人受到感染，并且疫情有可能會進一步惡化。

    德國大腸桿菌疫情暴發(fā)之后，華大基因立即建立聯(lián)系開展合作，自發(fā)地加入到這場疾病的研究中，成立專門研究小組對該細菌進行測序和生物信息學分析，以便盡快尋找到致病機理，研發(fā)有針對性的治療措施并有效地控制疫情的蔓延。在獲得病毒樣本后三天的時間內(nèi)，華大基因完成了對該新型大腸桿菌的基因組測序。經(jīng)過初步信息分析，發(fā)現(xiàn)該菌株是一種新的兼具侵襲、產(chǎn)毒、腸出血等特征的大腸桿菌。

    華大基因利用第三代測序儀——Ion Torrent進行了該大腸桿菌的全基因組測序，初步組裝結(jié)果預測的菌株基因組大小為5.2Mb。通過對序列的分析發(fā)現(xiàn)該菌株屬于血清型O104，但O104型大腸桿菌以前未見引起人類感染大規(guī)模暴發(fā)的報道。通過進一步比對分析發(fā)現(xiàn)該菌株與2002年從中非艾滋病患者腹瀉標本中分離的腸侵襲性大腸桿菌55989菌株的同源性超過93%。根據(jù)對基因序列的分析結(jié)果顯示，導致疫情暴發(fā)的菌株通過基因水平轉(zhuǎn)移獲得了腸出血性大腸桿菌的毒力基因和毒力相關(guān)質(zhì)粒，可能與該菌株強毒性和重癥感染有關(guān)。研究還發(fā)現(xiàn)，該菌株攜帶氨基糖甙類、大環(huán)內(nèi)酯類、磺胺類等抗生素的耐藥基因，導致抗生素治療無效?？茖W家們還將進一步分析這些毒力相關(guān)基因的完整性和表達情況，及耐藥和毒力基因水平轉(zhuǎn)移機制，并在更多暴發(fā)菌株中進行驗證。