用更廣闊的全腫瘤（cross-tumour）理念對各種腫瘤進行分類不僅能夠為我們 提供一個嶄新的生物學研究視野，同時也能夠給臨床工作提供更多更有價值的相關信息。Kandoth課題組就用實際的工作向我們證實了這種泛腫瘤（pan- cancer）研究方法的威力和價值，其實他們關注的重點非常簡單，就是基因編碼區(qū)序列里的單堿基替換突變，以及短片段的缺失或插入突變這些已經(jīng)被眾多的 科研人員研究過千萬遍的常見突變。他們選擇了12種不同類型的腫瘤作為研究對象，一共采集了3281個腫瘤樣本并進行了聯(lián)合分析，通過對這些腫瘤標本中他 們所關注的突變的出現(xiàn)幾率（recurrence rates）進行非常“苛刻的”統(tǒng)計學分析之后發(fā)現(xiàn)了127個突變基因在腫瘤的發(fā)病過程中起到了非常重要的作用。雖然在他們得出的這份腫瘤突變名單中有很 多突變基因之前就已經(jīng)被人報道過，但是Kandoth等人卻是用腫瘤全視野的角度發(fā)現(xiàn)這些突變基因的第一人。

    Kandoth等人隨后也利用腫瘤基因組計劃（Cancer Genome Atlas, TCGA）收集的臨床數(shù)據(jù)（比如患者腫瘤復發(fā)的時間或死亡的時間）對這127個突變基因在疾病預后預測方面的價值進行了評估。雖然進行這種大視野研究存在 種種困難，比如各個標本的臨床特征就非常復雜，在患病年齡、治療情況、腫瘤的轉移能力等方面都有很大的差異，但是由于采集的標本量足夠大，所以也足以發(fā)現(xiàn) 有價值的信息。比如BAP1、DNMT3A、KDM5C、FBXW7以及TP53這幾個基因如果發(fā)生突變，患者的預后就會比較差。而BRCA2和IDH1 這兩個基因如果發(fā)生突變則往往預示著預后會比較好。

    不過在此也有必要提醒一下，這種多腫瘤分析的方式也有其弊端，比如就會漏掉與某種特定腫瘤高度相關的突變，例如與膀胱癌高度相關的KDM6A和 ARID1A基因，所以我們應該兩手都要硬，將單一腫瘤分析與多種腫瘤分析的方式緊密地結合起來。可是如果我們用大樣本人群對上述多腫瘤研究工作所發(fā)現(xiàn)的 相關突變基因的預后判斷價值進行驗證之后，就能夠以這些突變基因為分子標志物，提早發(fā)現(xiàn)腫瘤可能轉移、復發(fā)的高危人群，對他們給予相應的治療和關注，改善 他們的預后。在通過多基因表達譜分析所發(fā)現(xiàn)的早期乳腺癌患者人群中已經(jīng)開始使用這種預后干預策略了。將來我們還可以對這些標志物與抗癌藥物治療反應性等指 標的關系進行研究，不過這也需要更進一步的整合臨床試驗和各個腫瘤中心的基因組數(shù)據(jù)資源，因而也需要建立一套更利于各個不同研究機構之間進行數(shù)據(jù)共享的機 制。

    泛腫瘤分析方法簡介。腫瘤基因組研究項目組收集了患有12種主要腫瘤的上萬名患者的資料，通過對腫瘤變異情況和臨床數(shù)據(jù)的比較和分析，獲得了一系列非常有價值的發(fā)現(xiàn)。

    另外這種全腫瘤研究工作對藥物開發(fā)工作的幫助有多大呢？有一種策略就是對其中所有的藥物作用靶標進行一次篩選，縮小范圍以便提高藥物開發(fā)工作的針對性。不 過這并不是全腫瘤研究工作的最大價值，通過全腫瘤研究工作可以更進一步明確各基因或信號通路之間的功能聯(lián)系，這才是最重要的意義。因為掌握了這些信息，如 果再碰到某個基因編碼的蛋白質不太適合當做藥物作用靶點的時候，我們就可以繞過它，只需要選擇該蛋白所在信號通路上的其它分子作為靶點，也能夠起到同樣的 治療效果。最近有好幾個腫瘤基因組研究項目所發(fā)現(xiàn)的腫瘤相關信號通路（比如RNA剪接通路、轉錄調控通路以及代謝作用通路等等）全都在這個泛腫瘤研究工作 中得到了驗證，所以這些通路全都可以當做抗癌藥物開發(fā)工作人員們的重點關注對象。

    如果被我們納入到泛腫瘤研究項目當中的腫瘤種類進一步增加，所關注的突變類型更進一步豐富（比如也關注非編碼區(qū)里的突變），對基因組的注釋也更加完全，那 么在今后開展的泛腫瘤研究工作當中一定會有更加重要的發(fā)現(xiàn)。所有這些腫瘤的共同之處（所發(fā)現(xiàn)的突變）能夠幫助科研人員開展更好的實驗室研究，為藥物開發(fā)人 員提供更多更有價值的作用靶點，也有助于臨床醫(yī)生們選擇更好的治療方案，所以它們一定會造福全世界的癌癥患者。