在邁向個(gè)體化醫(yī)療的進(jìn)程中，癌癥基因分型正變得越來(lái)越復(fù)雜。利用分析芯片來(lái)捕捉成百上千潛在重要基因發(fā)生的變異，可以幫助醫(yī)生確定一種特定腫瘤的運(yùn)作機(jī)制以及最佳的療程。全外顯子組測(cè)序（Whole-exome sequencing，分析基因組的所有編碼區(qū)域）一直是臨床腫瘤學(xué)領(lǐng)域的一個(gè)“白日夢(mèng)”，發(fā)表在5月19日《自然醫(yī)學(xué)》（Nature Medicine）雜志上的一項(xiàng)研究為分析癌癥患者腫瘤全外顯子組提供了一個(gè)平臺(tái)。

    這一新的全外顯子組平臺(tái)從保存腫瘤樣本中提取出DNA，對(duì)基因組中的所有編碼區(qū)域進(jìn)行測(cè)序，隨后通過(guò)一種算法運(yùn)行數(shù)據(jù)，解讀揭示出的遺傳變異的意義，由此挑選出可用治療方案可靶向的那些遺傳突變。重要的是，這一實(shí)驗(yàn)方案所采用的腫瘤樣本是通過(guò)福爾馬林固定，石蠟進(jìn)行包埋——這是一種常規(guī)的腫瘤組織保存方法，但往往會(huì)給測(cè)序造成麻煩。

    馬克斯普朗克分子遺傳學(xué)研究所癌癥生物學(xué)課題組負(fù)責(zé)人Michal-Ruth Schweiger（未參與該研究）說(shuō)：“能夠?qū)@類保存材料運(yùn)用測(cè)序技術(shù)，將使得我們能夠利用大量的樣本。”Schweiger曾成功測(cè)序福爾馬林固定、石蠟包埋的樣本，但比當(dāng)前研究作者們所取得的規(guī)模要小很多。

    該研究的主要作者、哈佛醫(yī)學(xué)院和Dana-Farber癌癥研究所醫(yī)學(xué)講師Eliezer Van Allen說(shuō)，不只是重新設(shè)計(jì)一些芯片靶向有限數(shù)量基因，隨著越來(lái)越多的遺傳信息涌現(xiàn)，捕獲全外顯子組具有重要的意義。

    Van Allen和同事們?cè)O(shè)計(jì)出了一種叫做PHIAL的算法，可以基于生物學(xué)活性和臨床相關(guān)性挑選出患者腫瘤中的一些遺傳變異。他們利用PHIAL在511名患者樣本的總共250,000個(gè)變異中挑選出了1,842個(gè)變異，當(dāng)前有一些現(xiàn)有的藥物可以作用于包含這些變異的基因。

    為了證實(shí)PHIAL適用于進(jìn)行臨床決策，該研究小組挑選出了一名罹患轉(zhuǎn)移性肺癌的患者。“結(jié)果表明這名患者攜帶一種非常罕見(jiàn)的KRAS突變，而在通常情況下我們無(wú)法檢測(cè)到它，”Van Allen說(shuō)。CDK4抑制劑被認(rèn)為能夠阻止表達(dá)KRAS的肺細(xì)胞生長(zhǎng)，非常湊巧的是該名患者被招募到了一項(xiàng)針對(duì)CDK4抑制劑的臨床實(shí)驗(yàn)中，并對(duì)這種治療產(chǎn)生了反應(yīng)；這是針對(duì)他唯一取得成功的一種治療方法。“它提供了一個(gè)令人信服的例子表明了我們想在更廣泛的范圍內(nèi)這樣做的原因，”Van Allen說(shuō)。

    該研究小組構(gòu)建出了一個(gè)臨床可靶向基因數(shù)據(jù)庫(kù)，至今已納入了130個(gè)基因，可在線**這一數(shù)據(jù)庫(kù)。Van Allen和研究小組還打算讓人們能夠免費(fèi)獲得PHIAL程序。Roychowdhury說(shuō)，這一平臺(tái)為致力擴(kuò)展癌癥基因組用途的其他研究組提供了一個(gè)極好的模型。