日前,來(lái)自圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究人員研究開(kāi)發(fā)出了一個(gè)大型的在線數(shù)據(jù)庫(kù),它能將上千個(gè)癌癥或疾病相關(guān)基因與靶向這些基因的藥物進(jìn)行匹配。這些藥物中的一些已經(jīng)被美國(guó)食品與藥品管理局批準(zhǔn)使用,另一些正處于臨床試驗(yàn)階段或只在新藥研發(fā)階段。
藥物基因關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫(kù)的細(xì)節(jié)被發(fā)表在10月13日的《自然-方法》(Nature Methods)上。該數(shù)據(jù)庫(kù)主要包括了癌基因,但也有一些其他疾病(例如阿爾茨海默病、心臟病、糖尿病等)的相關(guān)基因。 Griffith 兄弟與圣路易斯華盛頓大學(xué)基因組研究所的一組科學(xué)家們共同開(kāi)發(fā)了這一數(shù)據(jù)庫(kù)。
該數(shù)據(jù)庫(kù)由一對(duì)孿生兄弟Obi Griffith 博士和Malachi Griffith 博士開(kāi)發(fā),他們的興趣是將藥物與基因匹配起來(lái)。他們的母親在 17 年前死于乳腺癌,那時(shí)他們還差幾個(gè)星期就要高中畢業(yè)。
Malachi Griffith 說(shuō):“我們想要?jiǎng)?chuàng)造一個(gè)綜合的、便于研究人員使用的數(shù)據(jù)庫(kù),如像谷歌搜索引擎一樣來(lái)搜索疾病基因。隨著我們逐步邁向個(gè)性化醫(yī)療,更多的了解哪種藥物能夠靶向患者個(gè)體或特定疾?。ɡ缛橄侔┗蚍伟┑耐蛔兓蜃兊脑絹?lái)越重要。但是到目前為止還沒(méi)有一種簡(jiǎn)單的方法可以幫助研究者們找到這些信息。”
如果研究人員希望了解已有的基因組測(cè)序或其它方法確定的疾病基因的錯(cuò)誤突變是否能夠用現(xiàn)有的藥物治療,那么將很容易在該數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行搜索。另外,該數(shù)據(jù)庫(kù)中還包括一些基因,它們可能成為未來(lái)藥物發(fā)展的重點(diǎn)靶向?qū)ο蟆?br />
文章的資深作者、基因組研究所的主任Richard K. Wilson博士說(shuō):“該資源有著驚人的深度,它對(duì)于研究人員制定更好的患者治療方案將是十分珍貴的。”
Wilson 和他的同事們警告說(shuō),數(shù)據(jù)庫(kù)是用于研究目的,而不能指導(dǎo)治療。數(shù)據(jù)庫(kù)的主要目的是方便未來(lái)的臨床研究,為更有效地治療疾病提供幫助。
Malachi Griffith 說(shuō):“該數(shù)據(jù)庫(kù)使我們離目標(biāo)更近了。這真是一個(gè)豐富的資源。能將它提供給科學(xué)界,我們十分興奮。”
他們花費(fèi)了幾年時(shí)間用于該數(shù)據(jù)庫(kù)的開(kāi)發(fā),它是公開(kāi)的和免費(fèi)的,包括了超過(guò) 14000 種藥物-基因的相互作用,涉及了 2600 個(gè)基因和 6300 種靶向這些基因的藥物。數(shù)據(jù)庫(kù)還包括了6700個(gè)其它的基因,這些基因有可能成為未來(lái)藥物的靶標(biāo)。
在這之前,研究人員想要知道一個(gè)疾病基因是否能用某種藥物治療需要搜素零散的科研文獻(xiàn)、臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)或其它信息,這其中有些是不公開(kāi)的或者不容易被搜素到。另外,許多現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫(kù)在確定基因和藥物方面有不同的方法,語(yǔ)言的障礙也會(huì)讓一個(gè)明確的搜素任務(wù)變得很費(fèi)力。
Griffith 兄弟是生物信息學(xué)方面的專家。他們以前常常被追問(wèn),現(xiàn)有的藥物能否靶向癌癥基因組測(cè)序找到的基因,因此他們希望開(kāi)發(fā)一個(gè)藥物-基因互作的數(shù)據(jù)庫(kù)。
Obi Griffith 說(shuō):“我們不應(yīng)該依靠一個(gè)計(jì)算機(jī)向?qū)?lái)解決這一問(wèn)題。但是實(shí)際上,我們經(jīng)常不得不通過(guò)編寫特殊的軟件來(lái)找到答案?,F(xiàn)在,研究人員能夠快速和容易的尋找它們。”
這一新數(shù)據(jù)庫(kù)整合了美國(guó)、加拿大、歐洲和亞洲的 15 個(gè)公用數(shù)據(jù)庫(kù)的信息。使用者們輸入一個(gè)基因的名字或許多基因的列表就能檢索得到靶向它們的藥物。檢索結(jié)果提供了針對(duì)每一個(gè)基因的藥物的名字和藥物的細(xì)節(jié),例如藥物是一個(gè)抑制劑、抗體、疫苗還是其他類型。如果選擇的話,搜索結(jié)果還能給出更多更深入的信息來(lái)源。
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