全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome wide association study, GWAS)是采用生物芯片的方法對(duì)全基因組范圍內(nèi)的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的SNP 位點(diǎn)后,再在大樣本人群中進(jìn)行驗(yàn)證,從而得到與疾病相關(guān)的易感基因。該研究具有全面、高效的特點(diǎn),可以在整個(gè)基因組水平了解疾病的相關(guān)基因變異圖譜,為遺傳學(xué)研究開辟了新的思路。
自2005 年該研究方法問世以來,多種疾病采用GWAS 研究方法,均發(fā)現(xiàn)了新的疾病易感基因,包括糖尿病、克隆病、腫瘤疾病和系統(tǒng)性紅斑狼瘡等。腎臟病的GWAS 研究起步相對(duì)較晚。目前慢性腎臟?。–KD)、糖尿病腎病(DN)、FSGS 和IgA 腎病(IgAN)等疾病均有相關(guān)的GWAS 研究,發(fā)現(xiàn)了一些與疾病相關(guān)的新的致病基因。
其中在IgAN 的GWAS 研究中,2010 年英國完成的一項(xiàng)小樣本、未經(jīng)大規(guī)模人群驗(yàn)證的IgAN GWAS研究,發(fā)現(xiàn)6 號(hào)染色體MHC 區(qū)域與IgAN 有強(qiáng)關(guān)聯(lián)。這一結(jié)果提示在歐洲人群中HLA 區(qū)域與IgAN 的致病性密切相關(guān)。隨后2011 年美國科學(xué)家對(duì)大規(guī)模中國和歐美的人群進(jìn)行了IgAN GWAS 研究。該研究首先對(duì)中國北方人群(1194 例患者和902 例對(duì)照)進(jìn)行了全基因組芯片的分析,發(fā)現(xiàn)了一些差異表達(dá)的SNP 位點(diǎn),隨后在中國上海和歐美的高加索人群中進(jìn)行了驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)了三個(gè)獨(dú)立的染色體位點(diǎn)與IgAN 相關(guān),分別為6 號(hào)染色體MHC 區(qū)段,1q32 和22q12。
目前這些研究都有其自身的缺陷,英國的研究中SNP 位點(diǎn)較少,僅為300 多萬個(gè),且樣品數(shù)相對(duì)較少,并且沒有在大規(guī)模的人群中進(jìn)行驗(yàn)證。美國的研究是以中國人群和高加索人群混合進(jìn)行研究。而遺傳性腎臟病具有種族和地域的差異,亞洲人和歐美高加索人的遺傳背景不盡相同,因此將兩種種族人群進(jìn)行混合研究會(huì)導(dǎo)致結(jié)果的偏倚。因此,進(jìn)行中國人群IgAN 的GWAS 研究,發(fā)現(xiàn)中國人群中特有的遺傳易感基因是需要迫切解決的問題。
我們?cè)谥袊鴿h族人群進(jìn)行了一大組IgAN 病人GWAS 研究,首先我們進(jìn)行了全基因組芯片分析(1,436 cases and 2,199 controls) 并其中81 個(gè)最顯著的 SNPs 進(jìn)行了驗(yàn)證(2703 cases and 3464controls),結(jié)果除了證實(shí)了其他研究的一些發(fā)現(xiàn)外,還發(fā)現(xiàn)了3 個(gè)新的與IgAN 相關(guān)的 loci,為將來進(jìn)一步研究IgAN 的遺傳奠定了基礎(chǔ)。
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